Số lượng người thiệt mạng trong trận lụt vẫn còn gây tranh cãi và ước tính đã được chính phủ Trung Quốc và các nhà nghiên cứu khác sửa đổi trong nhiều thập niên sau sự kiện này. Không có cách đánh giá chính xác số thương vong: phần lớn dân chúng, kể cả các quan chức, đã trốn chạy, không để lại sự kiểm soát của chính phủ và không ai đếm được số người chết. Trong những trận giao tranh giữa những kẻ cướp, Quốc dân đảng, những người cộng sản, và quân Nhật Bản, việc tính số thương vong không phải là một ưu tiên cao. Chính phủ Quốc dân đảng, sau khi tuyên bố rằng vụ phá đê này là nhằm vào quân Nhật Bản, đã sử dụng số thương vong nặng để chứng minh quy mô của sự hy sinh mà nhân dân Trung Quốc yêu cầu; Họ tuyên bố rằng 12 triệu người đã bị ảnh hưởng bởi trận lụt, và năm 1948 ước tính số người chết là 800.000 người. Một tài liệu lịch sử chính thức năm 1994 của Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa ước tính con số người chết trong trận lụt ở mức 900.000 người và người tị nạn gần 10 triệu người. Các học giả khám phá các kho lưu trữ ngày nay đưa ra con số thấp hơn: 400-500.000 người chết, 3 triệu người tị nạn, và 5 triệu người bị ảnh hưởng (ước tính khác cho thấy số người chết là 500.000 và số người vô gia cư ở mức 500.000)